Cada vez que nos retiremos los alineadores de la boca, es importante limpiarlos y guardarlos en su caja. La mejor forma de limpiarlos es cepillándolos, con un cepillo reservado únicamente para ello, y aclarándolos con agua tibia. Se puede cepillar solamente con agua, o se puede utilizar un jabón con PH neutro, pero no es recomendable usar pasta dentífrica, ya que ésta puede rallar las férulas y hacer que pierdan su transparencia. Al acabar siempre se deben enjuagar bien las férulas con abundante agua templada.